В управлении Генпрокуратуры по ДФО сообщили, что в отношении Шишкина дело было возбуждено заместителем генерального прокурора России Юрием Гулягиным по признакам состава преступления, предусмотренного пунктами "а" и "г" части 4 ст. 290 УК РФ ("Получение взятки в крупном размере группой лиц по предварительному сговору или организованной группой"). Расследовались факты деятельности Шишкина в краевом государственном унитарном предприятии (КГУП) "Приморский водоканал", который он возглавлял до 7 июня 2007 года, до перехода на должность вице-губернатора в правительство края.
По делу также проходят главный инженер "Приморского водоканала" Юрий Гуртяков, который сейчас возглавляет предприятие, и директор филиала водоканала Виктор Клюс. Как полагают следователи, Шишкин, Гуртяков и Клюс, злоупотребляя служебными положениями, "умышленно вносили завышенные требования в техническую документацию с целью последующего вымогательства денежных средств с участников хозяйственной деятельности, осуществляющих строительство на территории Приморского края".
Производство предварительного следствия по делу поручено группе следователей, которой руководит следователь по особо важным делам управления Генеральной прокуратуры России в ДФО Сергей Аксаментов. Расследование уголовного дела поставлено на особый контроль.
Стоит напомнить, что политобозреватели совсем недавно называли Шишкина одним из возможных претендентов на пост мэра Владивостока — якобы на него мог сделать ставку губернатор Дарькин, так как Шишкин и в бытность директором "Примводоканала" оставался "человеком губернатора". В круг обязанностей вице-губернатора Шишкина входят вопросы жилищно-коммунального хозяйства края.